Действие разворачивается после того, как Стрелок уничтожил проект «О-Сознание».

Получив сведения об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает развернуть масштабную военную операцию под кодовым названием «Фарватер» для получения контроля над ЧАЭС. Согласно разработанному плану, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории и составить детальные схемы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам должны будут выдвинуться основные силы военных.

Несмотря на тщательную подготовку, операция терпит фиаско. Для сбора информации о причинах провала Служба безопасности Украины направляет своего агента в центр Зоны.
Дальнейшие события зависят только от игрока.

• Реалистичная реконструкция объектов Зоны отчуждения: города Припяти, железнодорожной станции Янов, завода «Юпитер», села Копачи и других географических объектов.
  
• Новая сюжетная линия и герои.
  
• Расширенная система дополнительных квестов.
  
• Невиданные монстры — химера и бюрер, а также невероятные способности хорошо знакомых чудовищ.
  
• Уникальная система A-Life, созданная на основе наиболее понравившихся игрокам элементов первых двух проектов серии.
  
• Возможность продолжить игру после ее прохождения в режиме freeplay.
  
• Новый интерфейс.

Полная версия проекта не требует предварительной установки никаких других игр.

Минимальная Конфигурация
• Тип процессора: Intel Pentium 4 2.0 Ghz / AMD XP 2200+
• 512 Mб ОЗУ
• 128 Mб DirectX® 8.0 совместимая карта / nVIDIA® GeForce™ 5700 / ATI Radeon® 9600

Рекомендуемая Конфигурация
• Тип процессора: Intel Core 2 Duo E7400 / AMD 64 X2 5600+
• 2 Гб ОЗУ
• 512 Мб DirectX® 9.0c совместимая карта / nVIDIA® GeForce™ 9800 GTX / ATI Radeon® HD 4850